《寄宿日记》是一部青春悬疑成长漫画，讲述高中生许澄因父母出国工作而被寄宿在远房亲戚苏家。苏家坐落在一座老式别墅里，家庭成员包括沉默寡言的苏伯母、早出晚归的苏叔叔、以及经常不见人影的姐姐苏遥。许澄开始用日记记录寄宿生活的点点滴滴，却渐渐发现日记里的内容会与第二天的现实发生“错位”——他明明写了“今天苏遥和我一起吃早餐”，第二天苏遥却说自己一周没回家。他翻查以前的日记，发现每一页都有被墨水涂抹的段落，而那些被涂掉的内容，似乎都涉及同一位名叫“阿深”的故人。
许澄终于揭开了所有被涂掉的内容——阿深是苏家的长子，三年前在别墅阁楼意外去世，全家人陷入集体失忆。许澄的日记成了他们唯一的记忆备份，他选择继续写下去，为了那些被遗忘的日常。
许澄写下“明天会有彩虹”，第二天却下了整天的雨。但他在日记本最后一页发现了一行不属于自己的笔迹：“谢谢你记得我。”字迹陈旧，像是三年前写的。
苏家难得全员聚齐吃晚饭，但气氛压抑得让人窒息。许澄注意到苏伯母给对面的空椅子也盛了一碗饭，苏遥低头快速吃完便离桌。他当晚在日记里画下了那副碗筷。
许澄深夜听到阁楼传来轻微的脚步声，他偷偷上去查看，发现一个落满灰尘的素描本，上面画的全是他——但他从未见过那个画家。本子封面上写着“阿深”。
许澄想向苏遥打听别墅的事，苏遥却总是避而不谈，甚至有一次红着眼眶说：“你不要再记日记了，忘掉这里的一切比较好。”许澄反而更加坚定地每天记录。
许澄拖着行李箱走进苏家别墅，苏伯母面无表情地接过钥匙，只说了一句：“二楼最里面那间，晚上不要出来。”许澄当晚在日记里写下：“这家人很奇怪，但我喜欢那扇朝北的窗户。”